因為靜態重構將整個內部的邏輯單元都重新配置，此時FPGA被掛起不能執行正常操作，重構完成后才能恢復工作，影響系統實時性。動態重構在系統運行中能實時全部或部分重構，且不中斷正常邏輯輸出，因而更有靈活性和高速度。大多數FPGA都是基于LUT查找表結構，它們只適用于靜態重構，通過向LUT一次下載全部配置數據而設定FPGA的邏輯功能。根據FPGA的容量不同、配置方式不同，全部重構時間為幾ms到幾秒不等。對于常規FPGA來說，重載方式多種多樣。在系統調試階段，一般是通過JTAG電纜從主機下載配置數據，調試結束后正式運行時一般是將配置數據放在串行PROM中，上電時向FPGA加載邏輯。但對于系統實際運行還有一些更快更靈活的配置方式。

可以縮短FPGA的重構時間，實現靈活重構。如ALTERA公司的FPGA可采用串行被動(PS)方式配置，對于2萬邏輯門規模的EP1K10配置數據為20KB，在30MHz的配置時鐘下只要5ms即可全部重構。這個速度雖然比不上動態配置的FPGA，但也比JTAG下載、串行PROM配置方式快多了，姑且稱之為準動態重構(bogusdynamicrestructuring)。而且在許多系統中FPGA并不時刻都在工作，而是以一定的重復頻率執行任務，只要在FPGA的空閑時間來得及對其進行重新配置，那么在系統宏觀的角度就可以認為是動態配置的，即實時重構。近年來，隨著FPGA技術的發展。支持重構的FPGA器件新品迭現。